Por decreto de 08/12/2001, solenidade da Imaculada Conceição, Sua Eminência, o Sr. Cardeal Patriarca D. José Policarpo, constituiu a Paróquia de S. Marcos. A 6 de Janeiro de 2002, festa da Sagrada Família, foi conferida posse ao primeiro Pároco, o Padre Hermenegildo Major Duarte, pelo actual Bispo de Évora, sendo naquele tempo auxiliar de Lisboa.
A Paróquia de S. Marcos faz parte da União de Freguesias do Cacém e S. Marcos, pertencente ao Concelho de Sintra, Distrito e Diocese de Lisboa.
Antes de constituída esta Paróquia, a assistência espiritual do lugar esteve a cargo dos padres Espiritanos da Torre da Aguilha, dos Padres da Consolata da Quinta do Castelo, e em 2000 e 2001 pelos padres Claretianos do Cacém.
É sede provisória da Paróquia a antiquíssima Ermida de S. Marcos, até que se realize a construção da futura Igreja da Imaculada Conceição, e centro pastoral, cujo projecto está em fase de estudo.
A Ermida de S. Marcos terá sido edificada ou reconstruída nos finais do século XV, tempo em que a Rainha Dona Leonor era donatária da Vila de Sintra e dos seus arredores, incluindo o lugar de S. Marcos. Terá sido seu fundador António Valente que se encontra sepultado na Ermida. Na Capela-Mor, a fechar a abóbada, encontra-se um camaroeiro, emblema pessoal da Rainha Dona Leonor.
A Paróquia de S. Marcos é constituída por quatro aglomerados populacionais. Dois relativamente recentes: Urbanização de S. Marcos e Casal do Cotão e os outros mais antigos: bairro da Bela Vista e Bairro Histórico de S. Marcos. Este último nasceu à volta da Ermida e prolonga-se até à Encosta de S. Marcos. Este é um bairro tipicamente rural, a contrastar com os bairros novos. A Paróquia e Freguesia conta com cerca de 20000 habitantes. Visitaram esta Paróquia os seguintes prelados: D. José Alves, D. Carlos de Azevedo (em diversas ocasiões, especialmente para a celebração do Crisma) e o Sr. Cardeal Patriarca, D. José Policarpo (em visita Pastoral a 27/04/2003).
A 14 de Setembro de 2009, Solenidade da Exaltação da Santa Cruz, o Padre Hermenegildo Major Duarte, deixa a responsabilidade pastoral da Paróquia, sucedendo-lhe, como segundo Pároco, o Padre Carlos Gonçalves (sendo também pároco de Rio de Mouro).
A 11 de Dezembro de 2010, foi inaugurado o novo altar da Paróquia de São Marcos. Esta iniciativa contou com a presença do Bispo Auxiliar de Lisboa, Sua Eminência D. Carlos de Azevedo, sendo acompanhada pelo Pároco, o Padre Carlos Gonçalves e o seu Coadjutor, o Padre Hermenegildo Major Duarte.
A 09 de Setembro de 2012, domingo e memória de S. Pedro Claver, o Padre Carlos Gonçalves, deixa a responsabilidade pastoral da Paróquia, sucedendo-lho como terceiro pároco o Padre Kuzenza Daudi Faustine, tendo como seu coadjutor o Padre João Baptista, e mais tarde também o Padre Norberto Ribeiro Louro, todos eles pertencentes à Congregação dos Missionários da Consolata.
A 04 de Outubro de 2015, domingo e memória de S. Francisco de Assis, o Padre Kuzenza Daudi Faustine deixa a responsabilidade pastoral da Paróquia, sucedendo-lhe como quarto pároco o Padre Alceu Agarez, IMC, permanecendo como seus coadjutores os Padres João Baptista e Norberto Ribeiro Louro.
A 15 de Outubro de 2016 é inaugurado um núcleo no Casal do Cotão como extensão da Paróquia de São Marcos, começando a ser ali garantida a celebração eucarística cada domingo, além de outras actividades.
A solenidade do Padroeiro, S. Marcos Evangelista, celebra-se a 25 de Abril.
