O local da casa da Alfândega que actualmente conhecemos não foi o seu ponto primitivo de origem, uma vez que o primeiro edifício ficava na ermida de S. Nicolau, por de trás da Fonte Taurina. Nela eram guardadas as mercadorias provenientes dos barcos. O seu mandatário foi D Afonso IV, em 1354, no entanto só anos mais tarde, em 1406 aproximadamente o rei D. João I lhe acrescentou um anexo onde funcionava a Casa da Moeda, onde veio também a funcionar a primeira Casa da Bolsa e do Comércio do Porto.
Em 1677, por ordem D. Pedro II a Casa da Alfândega foi reedificada, cenário que se repetiu em 1787.
Segundo antigas tradições os reis costumavam alojar-se nesta Casa aquando das suas passagem pelo Porto.
É este o motivo que leva certas pessoas a defender que foi nesta Casa que nasceu o Infante D. Henrique em 1394, durante uma das estadas da família real no Porto. Sendo daqui proveniente a designação de Casa do Infante pelo qual passou a ser conhecida a casa da Alfândega Velha.
Contudo o desenvolvimento da cidade e o crescente trafego fluvial e marítimo, já considerável no final do século XIX ditaram a incapacidade de permanecer a Alfândega Velha como alfândega da cidade, sendo necessária uma nova mais espaçosa e moderna.
E entre recursos insuficientes que apenas adiaram o inevitável a nova Alfândega foi mandada edificar a 25 de Setembro de 1859, na praia de Miragaia.
E em 1869 foram inauguradas as novas instalações, embora ainda não totalmente prontas.
A ideia do edifício incluía não só as infra-estruturas para a entrada e saída de mercadorias mas também diversas estruturas de apoio como: armazéns, vias férreas, plataformas giratórias que facilitassem o movimento de vagões e guindastes.
Este grandioso edifício, com duas fachadas, uma voltada para o rio e outra para a rua. Este foi construído sobre uma plataforma artificial que encobre a antiga praia de Miragaia e disfarçando as alfurjas (armazéns subterrâneos laterais).
Nos dias de hoje o edifício da Alfândega não tem já a mesma função de outorga, departamentos do Estado que actuam como instrumentos de política económica, de segurança e de defesa do património nacional e que têm por objectivos fiscalizar todas as mercadorias que entram e saem do país, arrecadar os direitos, impostos ou taxas cuja cobrança esteja a seu cargo e velar pela boa aplicação das leis e regulamentos aduaneiros, o grandioso edifício mostra agora ao publico os transportes da cidade e realiza outros eventos culturais e governamentais como o da Cimeira Ibero-Americana que se desenrolou no ano passado(1998). Os serviços que se desenvolviam neste edifício passaram para novas instalações em Pedras Rubras, junto ao aeroporto Sá Carneiro.
